Phan Thanh Hậu trưởng thành từ lò đào tạo HAGL, cùng với lứa Tuấn Anh, Công Phượng, Xuân Trường... Tuy nhiên khi các bạn đồng trang lứa đã đạt được thành công nhất định, cầu thủ sinh năm 1997 vẫn không thể tìm được chỗ đứng trong đội hình.
Hồi năm 2014, Thanh Hậu lọt Top 40 tài năng trẻ hay nhất thế giới do tờ The Guardian bình bọn. Tuy nhiên Hậu không được may mắn khi liên tục ngồi dự bị. Chính vì thế, Thanh Hậu đã chủ động xin rời HAGL để cứu vãn sự nghiệp.
Tân binh của TP.HCM hy vọng sẽ có nhiều cơ hội thi đấu nhiều hơn tại đội bóng mới. Dự kiến, CLB TP.HCM sẽ lên đường đi tập huấn thể lực từ ngày 30-11 tại Cần Thơ.