Do gặp chấn thương từ đầu mùa giải, Filip Nguyễn đã trở thành thủ môn dự bị tại Slovan Liberec. Cụ thể, Filip Nguyễn đã gặp chấn thương và buộc phải nghỉ 2 trận. Tuy nhiên, anh cũng không được quay trở lại sân cỏ do thủ môn dự bị Milan Knobloch lại chơi quá xuất sắc và chiếm luôn suất bắt chính.
Kể từ đó đến nay, Filip Nguyễn đã trải qua chuỗi 10 trận ngồi dự bị kể từ tháng 2/2021. Anh được tạo điều kiện thi đấu 2 trận ở Cúp Quốc gia nhưng tính chất giải đấu này không quá quan trọng.
Chính vì không được thi đấu, thủ môn số 1 của Slovan Liberec đã rớt giá thảm hại trên thị trường chuyển nhượng. Theo chuyên trang Transfermarkt, giá trị của Filip Nguyễn đã giảm 30% giá trị từ 750.000 euro xuống còn 500.000 euro (khoảng 14 tỷ đồng).
Filip Nguyễn từng tuyên bố rằng anh không có ý định về V League thi đấu mà muốn hướng tới những giải đấu lớn hơn để thử thách bản thân. HLV Park từng nhiều lần nói bóng gió về việc triệu tập thủ thành này cho ĐTVN nhưng tất cả chỉ dừng lại ở đó.
Một nguyên nhân khiến Filip Nguyễn không thể thi đấu cho ĐTVN là vì anh chưa thể nhập tịch Việt Nam.
Xem thêm:
Lê Văn Công giành HCĐ Paralympic 2024 
